Huyện này được đặt tên theo Khlong Thawi Watthana, một khlong (kênh) dài chạy theo hướng tây bắc-đông nam qua khu vực. Khu vực này đã từng là một tambon, một phần amphoeTaling Chan của tỉnh Thon Buri năm 1933. Tambon này đã được nâng lên thành một quận từ ngày 6 tháng 3 năm 1998.
